Von einer Israel-Reise 1989 brachten der damalige Frankfurter Oberbürgermeister Volker Hauff (SPD) und der spätere Präsident des Zentralrats der Juden Ignaz Bubis (FDP) die Idee mit für ein Lern- und Dokumentationszentrum des Holocaust nach dem Vorbild von Yad Vashem. 1985 hatte sich die jüdische Gemeinschaft erstmals sehr kämpferisch gezeigt in der Verhinderung von Rainer Werner Fassbinders „Die Stadt, der Müll und der Tod“ auf der Bühne des Frankfurter Schauspielhauses. Die ersten Planungen für das Institut waren überambitioniert. Schwierig wurde die Finanzierung. Der Bund beteiligte sich nicht. Und so mussten die Stadt Frankfurt und das Bundesland Hessen die Kosten für das Institut übernehmen, das am 11. Januar 1995 eröffnet wurde.
Benannt ist es nach dem ehemaligen Hessischen Generalstaatsanwalt Fritz Bauer (1903-1968). Als Jude musste er vor den Nazis nach Dänemark fliehen, kam aber bald nach Kriegsende zurück und wurde zunächst Staatsanwalt in Braunschweig. Als Jurist hat sich Bauer die größten Verdienste um die Aufarbeitung der Nazi-Vergangeheit der deutschen Justiz erworben. Er hat sich für den Frankfurter Auschwitz-Prozess (1963) eingesetzt, der gegen erheblichen Widerstand in der Justiz durchgesetzt werden musste. Bauer hat wesentlich dazu beigetragen, dass der Widerstand von 20. Juli 1944 gegen die Nazis anerkannt wurde. Hinweise von Fritz Bauer haben dazu beigetragen, dass der Massenmörder Adolf Eichmann in Argentinien vom israelischen Geheimdienst gefunden werden konnte. Bekannt wurde Bauer einer größeren Öffentlichkeit wohl erst durch die beiden Spielfilme „Im Labyrinth des Schweigens“ (2014) und „Der Staat gegen Fritz Bauer“ (2015).
Im Fritz-Bauer-Institut wurde unter seinem damaligen Direktor Micha Brumlik 2004 die große Ausstellung über den Auschwitz-Prozess gezeigt. Fritz Bauer hatte gesagt: Wir müssen „Gerichtstag halten über uns selbst“. Die Arbeit des Instituts ruht auf vier Standbeinen:
1. der wissenschaftlichen Forschung,
2. permanent zahlreichen Aufklärungsveranstaltungen,
3. einer riesigen Fachbibliothek,
4. Handreichungen über den Holocaust für Lehrer.
Heute ist das Institut durch seine Anbindung an die Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt gesichert. Mit 60 Euro pro Jahr kann man dort Mitglied werden. Das „Bulletin des Fritz Bauer Instituts“ referiert regelmäßig umfassend über die neuesten Forschungsergebnisse (Hans Riebsamen, FAZ 18.1.20).